神兽的分布位置并非随机，而是遵循特定的地图逻辑和触发条件。三神鸟（火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟）以及超梦等传说宝可梦均需在固定地点通过特定方式遭遇。火焰鸟位于1号岛灯火山山顶，闪电鸟藏身于无人发电厂最深处，而急冻鸟则需在双子岛通过推岩石堵住瀑布后才能进入其栖息地。超梦的捕捉则需完成主线剧情后前往华蓝洞窟最底层，且需携带会冲浪和攀瀑技能的宝可梦以抵达目的地。
双子岛的急冻鸟要求玩家按正确顺序推动岩石以阻断水流，否则无法进入其所在区域。无人发电厂的闪电鸟虽可直接遭遇，但推荐使用地面系技能抵抗其电系攻击，同时配合麻痹状态以提高捕捉成功率。火焰鸟的捕捉相对直接，但需注意其火系技能对草系或虫系宝可梦的克制效果。
二周目开放的部分神兽如洛奇亚、凤王等，需前往七之岛特定区域。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，等级较高且具备超能力与飞行双属性；凤王则栖息于同一岛屿左上方，属性为火加飞行。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，而吉拉奇则需攀登幽灵塔顶楼。这些神兽的分布与剧情进度紧密相关，未触发条件时无法遭遇。
稀有宝可梦如梦幻的获取方式较为特殊，需在红莲岛建筑物内取得秘密钥匙后方可进入特定楼层。冰神柱、岩神柱等需在特定地形中探索，如双子岛滑冰场或战斗边疆山洞。此类宝可梦的出现概率较低，建议携带提升遭遇率的道具如黄金喷雾，并确保队伍首位宝可梦等级符合区域要求。
严谨的路线规划与技能搭配是高效捕捉的关键，而二周目内容的解锁进一步扩展了神兽的可获取范围。
